Là một doanh nhân cơ hội, Schindler là một trong rất nhiều người tìm cách kiếm lợi nhuận từ Cuộc tấn công Ba Lan. Ông giành được quyền sở hữu một nhà máy sản xuất đồ pháp lam ngưng hoạt động ở Kraków bị tòa án tuyên bố phá sản,[3] tên là Pierwsza Małopolska Fabryka Naczyń Emaliowanych i Wyrobów Blaszanych "Rekord"[7], mà ông đã đặt tên lại là Deutsche Emaillewaren-Fabrik (Nhà máy sản xuất đồ tráng men Đức) hoặc DEF (location).[8] Với sự giúp đỡ của nhân viên kế toán người Do Thái nói tiếng Đức tên Itzhak Stern,[3] Schindler kiếm được khoảng 1.000 công nhân Do Thái lao động cưỡng bách làm việc ở đây.[1]

Schindler nhanh chóng thích nghi lối sống với thu nhập của mình. Ông đã trở thành một khách mời được tôn trọng tại các buổi tiệc của các sĩ quan SS, có các cuộc trò chuyện dễ dàng với các sĩ quan SS cao cấp, thường vì lợi ích của mình.[8] Ban đầu Schindler có thể đã có động cơ thúc đẩy vì tiền, vì chi phí lao động của người Do Thái rẻ, nhưng sau đó ông bắt đầu bao che cho các công nhân của mình mà không quan tâm tới chi phí. Chẳng hạn, ông tuyên bố rằng một số người lao động không có tay nghề là cần thiết cho nhà máy.[3]

Trong khi chứng kiến một cuộc bố ráp ghetto Kraków năm 1943, nơi các binh sĩ đã được sử dụng để vây bắt các cư dân đưa xuống tàu chở tới Trại tập trung ở Płaszów, Schindler đã thất kinh bởi việc giết nhiều người Do Thái đã từng làm việc cho ông.[8] Ông là một người có tài thuyết phục, nên sau cuộc bố ráp đó, ngày càng sử dụng mọi sự khôn khéo của mình để bảo vệ "Schindlerjuden" (các người Do Thái của Schindler), như họ được gọi vậy. Tác giả Eric Silver trong quyển "The Book of the Just" kể rằng có một lần hai người Gestapo đến văn phòng của Schindler yêu cầu ông giao nộp một gia đình 5 người đã mua giấy tờ tùy thân giả mạo của Ba Lan. Schindler cho biết là 3 giờ sau khi họ vào văn phòng, thì 2 người Gestapo say rượu đi lảo đảo ra khỏi văn phòng của tôi mà không có tù nhân và cũng không có các tài liệu buộc tội mà họ đã yêu cầu.[9] Cương vị đặc biệt của nhà máy ("kinh doanh thiết yếu cho nỗ lực chiến tranh") đã trở thành yếu tố quyết định cho những nỗ lực của Schindler để hỗ trợ các công nhân Do Thái của mình. Bất cứ khi nào "người Do Thái của Schindler" bị đe dọa trục xuất, ông đều đòi miễn cho họ. Các bà vợ, các trẻ em, và thậm chí cả những người khuyết tật đều tỏ ra là những công nhân cơ khí và công nhân kim loại cần thiết.[3]

Bên trong nhà máy, các công nhân Do Thái được đối xử lịch sự tử tế, không có "la hét, lạm dụng,và giết chết tùy tiện" như thường xảy ra ở trại Płaszów kế bên. Những người Do Thái có thể cầu nguyện hàng ngày với minyan[10], tụ tập ban đêm để học Chumash[11] và trao đổi lời kinh Torah cùng các truyện Gedolim[12]. Vào lúc chấm dứt ngày Shabbat[13], các công nhân tụ tập để ăn bữa thứ ba ngày shabbat và hát zemirot[14], đọc kinh Torah, cùng kể các truyện của tzaddikim (những người công chính).[15]

Schindler đã bị bắt 3 lần do bị tình nghi có các hoạt động chợ đen và đồng lõa trong tội biển thủ, cũng như phạm luật Nuremberg bằng việc hôn một cô gái Do Thái. Amon Göth, viên chỉ huy trại Płaszów, và các lính gác SS sử dụng tài sản của người Do Thái (như tiền bạc, nữ trang, và sản phẩm nghệ thuật) cho bản thân họ, mặc dù theo luật thì thuộc về Nhà nước. Schindler đã thu xếp việc bán các mặt hàng đó trên thị trường chợ đen. Tuy nhiên không một vụ bắt giữ nào được đưa ra xét xử, chủ yếu là bởi vì ông đã hối lộ các quan chức chính phủ để tránh bị điều tra thêm.[1][3]

Khi Hồng Quân tới gần Trại tập trung Auschwitz và các trại tập trung ở miền cực đông khác, thì SS bắt đầu di tản các tù nhân giam giữ về phía tây. Mietek Pemper, viên thư ký riêng của Amon Göth, báo cho Schindler biết các kế hoạch của Đức quốc xã là đóng cửa mọi nhà máy không tham gia trực tiếp vào nỗ lực chiến tranh, trong đó có nhà máy sản xuất đồ pháp lam của Schindler.[16] Pemper cũng thuyết phục và khuyến khích Schindler chuyển việc sản xuất đồ pháp lam sang sản xuất các lựu đạn chống chiến xa trong một nỗ lực cứu các công nhân Do Thái của Schindler.[16][17] Được mách bảo việc đóng cửa nhà máy, Schindler thuyết phục các quan chức SS cho phép ông di chuyển 1.200 công nhân Do Thái của mình tới Brünnlitz, trong vùng Sudetenland nói tiếng Đức, do đó giúp cho họ khỏi bị chết trong các phòng hơi ngạt. Mietek Pemper tiếp tục hỗ trợ nỗ lực của Schindler bằng cách biên soạn và đánh máy danh sách 1.200 người Do Thái – 1.000 công nhân của Schindler và 200 người sống chung khác - những người đã được gửi tới Brünnlitz trong tháng 10 năm 1944.[16][17]

Ở Brněnec, Schindler đã kiếm được một nhà máy sản xuất của người Do Thái trước đây, được dự kiến sẽ sản xuất lựu đạn cầm tay và các bộ phận tên lửa V2. Hiện chưa rõ có bao nhiêu vũ khí đã được thực sự sản xuất ở đây. Ngay sau chiến tranh Schindler và một số công nhân cho biết rằng đã không sản xuất sản phẩm được dùng cho nỗ lực chiến tranh của Đức, và thậm chí là một số hoặc tất cả các sản phẩm đã được cố ý sản xuất có lỗi (để không sử dụng được).